Bernat II de Bésalu est le second fils de Guillem 1er, comte de Bésalu. A la mort de son frère aîné Guillem II (mort assassiné en 1066), il prit sa succession à la tête du comté et la conserva jusqu'en 1100.
Il épousa Ermengarde, la fille du comte d'Ampurias Pons 1er, mais n'eut pas de descendance. A sa mort en 1100 son comté passa à son neveu Bernat III, dernier comte de Bésalu.